Milagro durante el maremoto del 2004

La zona de Velankanni fue entre las más afectadas por el gran maremoto del 26 de diciembre de 2004. Cuando el mar entró en la ciudad, había en el santuario 2,000 peregrinos participando en la santa misa. Milagrosamente las aguas no entraron en la basílica, mientras que otros edificios que están en el mismo nivel sobre el mar, aun los que están más distantes de la costa quedaron destruidos. Según el reporte de la BBC, el santuario fue el único edificio de la ciudad que escapó la devastación.  
Durante la misa Jesús se hace presente entre su pueblo. La basílica de la Virgen se convirtió en un arca en la que se salvaron los que estaban en ella. Los directores de la basílica no dudaron en reconocer el milagro. La basílica inmediatamente se convirtió en un centro de ayuda, tanto espiritual como material para los damnificados.